En la nueva instalación de Ubuntu que tengo en el SSD tengo el problema de que las notificaciones como título de canción reproduciendo o volumen, me salen en la esquina superior derecha. Como tengo dos monitores, esa zona queda en el monitor de la derecha que suelo tener apagado, así que he buscado una solución para editar estas posiciones.

El paquete encargado de las notificaciones es notify-osd. Necesitamos una versión parcheada, que descargaremos de un repositorio:
sudo add-apt-repository ppa:leolik/leolik
sudo apt-get update && sudo apt-get upgrade
sudo apt-get install libnotify-bin
pkill notify-osd

Para cambiar la posición usaremos el siguiente comando:
gsettings set com.canonical.notify-osd gravity numero
donde numero es un numero que determina la posicion:
1 – esquina superior derecha
2 – mitad del borde derecho
3 – esquina inferior derecha
4 – esquina inferior izquierda
5 – mitad del borde izquierdo
6 – esquina superior izquierda

Luego instalamos la parte gráfica para desplazarlo un poco hacia abajo ya que se solapa con el menu de Aplicaciones y Lugares:
sudo add-apt-repository ppa:nilarimogard/webupd8
sudo apt-get update
sudo apt-get install notifyosdconfig

Aparecerá en el menú Aplicaciones->Accesorios->NotifyOSD Configuration y cambiaremos el gap horizontal de 5px a 25px, dándole a Apply para confirmar.

Si hay problemas con los respositorios, añadir esto en /etc/apt/sources.list:
deb http://ppa.launchpad.net/nilarimogard/webupd8/ubuntu precise main
deb-src http://ppa.launchpad.net/nilarimogard/webupd8/ubuntu precise main

Fuente: http://gabeweb.blogspot.com.es/2012/06/personaliza-las-notificaciones.html